1. 对于员工恶意举报公司的情况，企业应该采取果断的措施予以打击。首先，应该对企业内部进行清查，找出是哪个员工进行了恶意举报行为，并进行相应的处罚。对于举报内容存在不实之处，企业有权利向法律机构申诉并追究当事人的责任。

2. 在处理该类事件时，企业需要遵守法律程序。如果发现员工恶意举报动机明显、问题不实，企业有权要求举报人撤回举报，并要求赔偿公司经济损失后，可对举报人予以开除。

3. 作为企业方，也应该认真对待员工对公司的举报。对于真实的问题，企业可以采取积极的措施解决，增强企业形象和员工满意度。定期开展员工满意度调查，加强与员工之间的沟通，及时解决员工的合理诉求。

4. 此外，企业可以建立奖惩机制，对于有建设性的建议和反馈进行表彰和激励，鼓励员工通过正常渠道提出问题，营造诚信、公正的企业文化氛围。

5. 总之，对于员工恶意举报公司的情况，企业应该冷静应对，坚决打击恶意举报行为，同时也应该正视员工对公司的建议和反馈，积极解决问题，营造良好的企业氛围。