处理国有土地使用权转让纠纷的方法是一个复杂而且关乎各方利益的问题。为了确保合理、公正的处理纠纷，需要采取一系列措施。

建立健全的法律法规体系是处理纠纷的基础。相关法律应明确规定土地使用权转让的条件和程序，确保转让过程的合法性和透明度。此外，应制定详细的操作指南，明确各方的权利和义务，以及纠纷解决的程序。

建立公正高效的纠纷解决机制是非常重要的。可以设立专门的土地纠纷仲裁机构，通过专业的仲裁人员进行调解和裁决，以快速解决纠纷。同时，也应加强司法机构在土地纠纷解决中的角色，确保法律的公正实施。

此外，加强监管和执法力度是至关重要的。相关部门应加强对土地使用权转让过程中各方行为的监督和管理，对于违法行为要依法严厉处罚，形成威慑效果。同时，也要确保各方利益的平衡，防止权力滥用。

加强宣传教育是预防和解决纠纷的有效手段。可以通过宣传教育活动，提高公众对土地使用权转让的认知水平，让人们了解相关法律法规和纠纷解决机制，避免因不了解而引发的纠纷。此外，还可以加强对各方当事人的培训，提高其法律意识和纠纷解决能力。

处理国有土地使用权转让纠纷需要建立健全的法律法规体系，建立公正高效的纠纷解决机制，加强监管和执法力度，以及加强宣传教育。只有通过多种手段的综合运用，才能有效地解决纠纷，维护土地使用权转让的合法性和公正性。