1. 首先要明确的是，根据国家相关规定，企业应当为员工支付加班费。而工会费则是参加工会的员工自愿交纳的，企业不得强制扣除。因此，加班工资和工会费并没有直接关联。

2. 但是，一些企业会在员工加班所得工资中，按照一定比例来扣除工会费。这种行为是否合法呢？实际上，除非员工自愿同意，企业才可以从员工工资中扣除工会费。而员工自愿与否，应当书面记录，并经过工会批准。

3. 那么，如果员工加班费被扣除了工会费，应当如何计算加班费呢？一般而言，加班费的计算方法通常是：基本工资/22*1.5*(加班小时数)，即以一个小时的工资为基础，乘上1.5倍的工资作为加班费。如果扣除了工会费，计算方法同样适用，只需要将扣除的金额减去即可。

4. 值得注意的是，在计算过程中，应当将税前工资作为基础。也就是说，计算加班费时不应当将扣除的个税、社保等其他费用计入其中。此外，根据国家相关规定，每小时加班费不得低于基本工资的百分之一百五十。

5. 总之，加班工资和工会费并没有直接关联，企业不得强制扣除工会费。如果员工自愿缴纳，应当做出书面记录，并经过工会批准。如果扣除了工会费，计算加班费时应当将扣除的金额减去，以税前工资为基础，每小时加班费不得低于基本工资的百分之一百五十。