1. 补办小产权购房合同是否有效？这是一道略微复杂的问题。按照我国《合同法》的规定，因为小产权房的产权不符合“国有土地上房屋所有权归属于国家”的要求，所以小产权房并不能办理土地使用证和房产证。因此，在购房时签订的合同并不能具备相应的合法性。

2. 虽然小产权房合同在法律上并不合法，但是如果业主已经实际居住并支付了房款，补办合同仍是有效的。在执行补办合同的过程中，往往需要进行土地使用权的转让和补交房屋出租凭证等手续。这些手续能否顺利进行，往往还需要视当地政府政策而定。

3. 如果购房者继续居住在小产权房中，未补办合同，那么在房地产市场的交易中，他的房产处于一种“非法”的状态。在此情况下，如果购房者要想将房屋转手或升级换房，房产的市场效益无疑会受到很大的限制和困扰。

4. 因此，对于已经居住在小产权房的购房者来说，办理补办小产权购房合同是非常有必要的。只有在完成这些手续后，才能让小产权房得以合法化，保证房产的市场价值和交易合法性，也能让购房者在享受房产的同时，避免不必要的纠纷以及法律风险。

总之，虽然补办小产权购房合同可能会有一些麻烦和手续上的不便，但是从长远来看，它能保障购房者的合法利益和房产市场的正常交易，具有非常重要的作用。购房者应该积极承担起应尽的法律义务，认真履行相应的法律手续，让自己的房屋在领域占据有利地位，获得更好的保障和利益。

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