1. 公司章程是规定了公司的基本组织和运作规则的文件，主要包括公司的名称、注册资本、股东权益、董事会和监事会的职权等内容。根据公司法的规定，公司章程是由公司的股东会制定并决定的，具有相对稳定性和不易修改的特点。

2. 股东协议是股东之间为了明确其在公司治理和发展中的关系而设立的合约。股东协议通常由公司的重要股东签署，内容涉及股权转让、投票权行使、盈利分配、公司决策等方面。

3. 理论上，公司章程和股东协议属于不同的文件，其前者主要关注公司的基本组织和运作规则，后者则主要关注股东之间的权益和义务。因此，公司章程一般不包含股东协议的内容。

4. 然而，在实践中，有些公司为了更好地管理和约束股东之间的关系，可能会将股东协议的内容纳入公司章程中。这种做法可以有效避免股东协议被遗忘或违反的风险，提高公司治理的透明度和稳定性。

5. 然而，需要注意的是，将股东协议的内容纳入公司章程中需要符合相关法律法规的规定。例如，根据我国公司法的规定，公司章程一般只能在公司设立时确定或者股东会决议通过变更，变更要符合公司法和有关法规、政策的规定，才能具有法律效力。

总结：公司章程的修改必须严格遵循法律程序，并经过股东会决议通过，才能生效。虽然理论上公司章程不包含股东协议的内容，但在实践中有些公司可能会将股东协议的内容纳入其中，以提高公司治理的透明度和稳定性。但在进行这种操作时，需要牢记法律法规的要求，确保修改后的公司章程合法有效。