学校后勤员工加班工资发放方案违法怎么办？此类问题在实际工作中可能出现，必须按照相关法律法规进行处理，保障员工的权益。

1.了解相关法律法规和规定
员工加班工资的发放标准及流程应该是由法律和公司的规定决定的。因此，我们应该首先了解相关法律法规和公司规定，以了解员工加班工资的准确标准及发放流程，具体要求和规定。

2.与公司或雇主进行沟通
如发现加班工资发放方案存在违规情况，建议员工与公司或雇主进行沟通和交流。通过一定的谈判方式，共同商定解决方案，以保障员工的合法权益。

3.提交申诉并寻求法律援助
如果公司或雇主拒绝或无法解决这一问题，员工可以向劳动保障部门或权益维护机构投诉举报，以寻求帮助。没能解决的情况下，员工可以向相关法律支持机构求助，得到法律援助。

4.维护自身合法权益的实际意义
对员工来说，维护自身合法权益的意义在于保障自己的劳动成果和贡献得到应有的回报，提高自身的信心和责任感，同时也保证企业合法、高效地运作，增强员工和企业之间的信任、共识和合作。

总之，关心员工权益，依法保护员工的合法权益，符合企业利益、政府利益和社会利益的需要。